Bilimsel Yayınlar
SoilBiom’un araştırma faaliyetleri kapsamında üretilen bilimsel yayınları,
konferans bildirileri ve akademik makaleleri
bu sayfada bir araya gelir.
Bilimsel Çalışmalarla Toprağı Anlamak
SoilBiom’un bilimsel yayınları, farklı üretim koşullarında yürütülen saha çalışmaları, laboratuvar analizleri ve akademik araştırmaların çıktılarından oluşur.
Bu çalışmalar, toprağın biyolojik, kimyasal ve fiziksel süreçlerini birlikte ele alarak üretim, ekosistem sağlığı ve sürdürülebilirlik ilişkisini bilimsel verilerle ortaya koymayı amaçlar.
Yayınlanan her çalışma, ölçülebilir sonuçlara ve karşılaştırmalı analizlere dayanır.
Aşağıda, SoilBiom tarafından farklı başlıklarda yayımlanmış bilimsel çalışmalar yer almaktadır.
Bitki Büyümesini Teşvik Eden Yerel Rizobakterilerin Trachystemon orientalis’in Rizom Gelişimi ve Bitki Büyümesine Etkisi
Hatice Filiz Boyacı, Merve Erbil, Atakan Yıldız, Keziban Yazıcı, Umut Ferhat Başpınar
Tarımsal verimliliği ve sürdürülebilirliği artırmanın en önemli stratejilerinden biri, çeşitli yerel bitki büyümesini teşvik eden rizobakterileri (PGPB) ve bunların geliştirilmiş konsorsiyum formülasyonlarını kullanmaktır.
Bu çalışmada, bitkilerin topraktan daha fazla besin maddesi almasını sağlayan Trachystemon orientalis’in bitki büyümesi ve rizom gelişimi üzerine etkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır.
Çay rizosferinden izole edilen 11 farklı rizobakteriden çok sayıdaki yararlı etkileri göz önüne alınarak hazırlanan altı farklı mikrobiyal konsorsiyum kombinasyonu 1:1 (v/v) torf:perlit ortamına dikilen Trachystemon orientalis rizomlarına uygulanmıştır. Deneme tesadüf blokları deneme desenine göre üç tekrarlamalı olarak kurulmuş olup, her tekrarlamada beş rizom yer almış ve herhangi bir uygulama yapılmayan rizomlar kontrol olarak kullanılmıştır. Çalışma sonucunda PGPB konsorsiyumlarının rizom gelişimi ve bitki büyümesi ile ilgili incelenen 14 parametre üzerinde etkili olduğu tespit edilmiştir. Korelasyon ısı haritası, uygulamalar ile incelenen tüm parametreler arasında güçlü bir ilişki olduğunu ortaya koymuştur. En iyi sonuç Pseudomonas putida ve Bacillus spp. karışımı içeren P4 uygulamasından elde edilmiştir. Mikrobiyal karışım, Trachystemon orientalis’in özellikle fide yetiştiriciliğinde faydalı ve karlı olması nedeniyle uygulanabilir olduğu ortaya koyulmuştur.
Anahtar Kelimeler: Rizobakteri, Kalite, Mikrobiyal topluluk, Sürdürülebilir tarım, Bacillus spp., Pseudomonas spp.
Sahte Topluluklara Dayalı Olarak Orta Avrupa Balık Türlerinin Çevresel DNA Metabarkodlaması İçin Beş Primer Çiftinin Değerlendirilmesi
Till-Hendrik Macher, Robin Schütz, Atakan Yıldız, Arne J. Beermann, Florian Leese
Çevresel DNA (eDNA) metabarkodlaması, balık topluluklarını incelemek için güçlü bir araç haline gelmiştir. eDNA temelli değerlendirmelerin düzenleyici izleme bağlamlarında (ör. AB Su Çerçeve Direktifi) kullanılmaya başlanmasından önce, yöntemsel standardizasyona yönelik bir ihtiyaç bulunmaktadır. Yöntemsel doğruluğu sağlamak ve düzenleyici standartları karşılamak için çeşitli örnekleme, laboratuvar ve biyoinformatik iş akışları geliştirilmiştir.
Ancak kapsamlı balık izlemesi için kritik bir ön koşul, belirli bir su kütlesinde bulunan balıkları doğru şekilde tanımlayabilecek uygun primer çiftlerinin seçilmesidir. Son on yılda farklı genetik belirteç bölgelerini hedefleyen çeşitli balığa özgü primer çiftleri yayımlanmıştır. Buna karşın, Orta Avrupa balık türlerini değerlendirmek amacıyla sık kullanılan balık primer çiftlerinin performansını inceleyen özel bir çalışma henüz yapılmamıştır.
Bu nedenle, 45 Orta Avrupa balık türüne ait DNA’dan oluşan yapay bir “mock” topluluk oluşturduk ve beş primer çiftinin tespit edebilme kapasitesini ve tekrarlanabilirliğini inceledik. Çalışmamız, primer seçiminin ve biyoinformatik filtrelemenin eDNA metabarkodlama sonuçları üzerindeki etkisini ortaya koymaktadır. Çalışmamızda değerlendirilen beş primer çifti içinde tele02 (12S geni) primer çifti, Orta Avrupa tatlı su balıklarının eDNA metabarkodlaması için en iyi seçenek olmuştur. Ayrıca MiFish-U (12S) ve SeaDNA-mid (COI) primer çiftleri de iyi tespit performansı ve tekrarlanabilirlik göstermiştir. Ancak daha az özgül primer çiftlerinin (yani omurgalıları hedefleyenlerin) daha az güvenilir olduğu ve yüksek sayıda yalancı-pozitif ve yalancı-negatif tespit ürettiği bulunmuştur. Çalışmamız, primer çiftlerinin ve biyoinformatik analiz hatlarının dikkatli seçiminin eDNA metabarkodlamayı balık izleme açısından daha güvenilir bir araç haline getirebileceğini göstermektedir.
Anahtar Kelimeler: 12S, 16S, biyolojik izleme (biyomonitoring), COI, çevresel DNA (eDNA)
Toprak Mikrobiyotasının Ekosistem Sağlığı ve Sürdürülebilir Çay Tarımındaki Rolü: eDNA ve Metagenomik Yaklaşımlardan Çıkarımlar
Atakan Yıldız
Bu çalışma, çay tarımı yapılan topraklarda mikrobiyal toplulukların bileşimini ve ekosistem işlevlerine katkısını çevresel DNA (eDNA) metabarkodlama ve metagenomik yaklaşımlarla incelemektedir.
Kültürden bağımsız bu yöntemlerle elde edilen sonuçlar, çay topraklarında Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteriota, Acidobacteriota ve Chloroflexi filumlarının baskın olduğunu göstermiştir.
Mevsimsel karşılaştırmada kış örneklerinde Proteobacteria ve Actinobacteriota oranlarının yaz dönemine göre daha yüksek olduğu belirlenmiş, bu durum mikrobiyal topluluk yapısının çevresel koşullar ve olası yönetim uygulamalarına bağlı olarak değiştiğine işaret etmiştir. Bulgular, yerel mikrobiyal çeşitliliğin toprak sağlığı, dayanıklılık ve sürdürülebilir tarımsal üretim açısından kritik önem taşıdığını vurgulamaktadır.